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前传：黄金武器
很久很久以前，第一位幻影旋转术大师使用四件幻影旋转术黄金武器创造了幻影忍者世界；这四件武器威力无比，他的两个儿子发誓保护这些黄金武器，但是哥哥加满都君王心中充满了黑暗，妄图将它们占为己有。兄弟之战爆发了。加满都魔王战败，被驱逐到了地底世界。弟弟吴大师将这些黄金武器藏在了忍者岛上的秘密之处。吴大师找到四个勇敢的男孩 – 寇、杰、凯和赞，他训练他们幻影旋转术，成为黄金武器的保护者。寇、杰、凯和赞在击败骷髅军团中使用忍者训练，自然地学会了幻影旋转术。虽然忍者成功地完成了找回黄金武器的任务，但他们落入了加满都魔王的计划，这让他通过时空漩涡逃出了地下世界。和平重归忍者岛，四个忍者发誓保护黄金武器，等待加满都魔王的到来。
第一季：蛇怪复苏
自加满都君王从地下世界失踪后，忍者岛一直处于和平中，但年轻的忍者已经变得懒惰。而加满都魔王潜伏在阴影里，等待合适的时机发动攻击，忍者看到他的小儿子劳埃德不小心释放了忍者岛的可怕新敌人 – 毒蛇古老部落。毒蛇的领袖狂蟒派梭制定了一个邪恶的计划，要召回传说中可以吞噬一切的蛇吞噬魔。忍者必须审视自己的内心，才能解锁挖掘全部潜力。忍者岛的存亡岌岌可危。 忍者不仅必须要对付毒蛇，同时发现劳埃德是预言绿色忍者（注定击败黑暗魔王的强大忍者）时，还必须承担起照看的职责。在整个过程中，每个忍者在自我探索中取得重大突破，使他们能够挖掘自己的元素力量。为打败吞噬魔，忍者不得不依靠加满都魔王的帮助，和他可以手握全部四件黄金武器的独特能力。最终，加满都魔王与四件黄金武器一同离开。
第二季：最后一战
加满都魔王与所有四件武器一同离开后他控制了蛇怪。与此同时，忍者加紧训练年轻的劳埃德，以便他变得足够强大，可以在大决战中打败加满都魔王。为了获得邪恶力量，加满都魔王前往黄金山峰，把所有四件黄金武器转化成创作武器 – 超级黄金武器。他手持超级武器，加满都君王成功复活忍者狩猎生物的“暴龙”，并令忍者的时间倒流。后劳埃德牺牲了自己的童年，用明日之茶把自己和忍者们变为大人，去面对他作为绿色忍者的命运。超级武器使加满都君王回到过去，试图阻止忍者的形成。在黑暗之岛，加满都魔王利用暗物质，打造终极武器“加满特隆战车”。黑暗之主制定了计划，并采取控制措施。他将在大决战面对劳埃德。当似乎在劫难逃时，劳埃德开启了他新的力量，变身为黄金忍者。他消灭了黑暗之主，恢复了平衡。因此，加满都血脉中的邪恶完全消失，他开始成为以前加满都大师。
第三季：重启
最后一战过后，在塞勒斯·博格的引导下，幻影忍者城变成了——新幻影忍者城！这里全是机器，而复活的黑暗之主却再次控制了新幻影忍者城，
吴大师为了解救人们，自己却被黑暗之主改造，变成了吴魔王，最后回复原样。机器忍者——赞与黑暗之主一起灭亡。
第四季：元素擂台赛
凯、寇、杰、劳埃德接受邪恶的陈大师的邀请，来到一座岛上参加擂台赛，却发现了陈大师的阴谋。后来找到重造的赞，并与其他元素大师的后裔们一起打败了陈大师与他的军队。
第五季：幽灵霸主
诅咒魔域里的幽灵摩罗被加满都无意释放，逃出了诅咒魔域并控制了劳埃德，他想成为绿色忍者，同时帮助诅咒魔域诅咒十六国度，后来跟随诅咒魔域一起灭亡。
第六季：飞天海盗
克劳斯从诅咒魔域穿回到了忍者世界，他释放了泰拉汉之壶中的巨灵纳达克汗，纳达克汗拿到了穿越水晶并找回了他的船员。巨灵世界因为诅咒魔域毁而毁，巨灵想当上巨灵世界的君王并和妮雅结婚，因为结婚后君王可以许无限个愿望，并且妮雅很像他去世的爱人狄拉拉。巨灵同时还让忍者世界的一部分土地升上天空变成巨灵世界。后来巨灵被消灭，忍者世界恢复了平静。
万圣节特别篇：魔咒幽灵的进击（分裂之日）
杨大师用诡计欺骗了寇，使以前反派的灵魂从往生世界回到幻影忍者城，并且去对付各个忍者，后来忍者们打败了往生的反派，而寇也阻止了杨大师的阴谋获得了新的肉体。 [1]
第七季：时间之手
吴大师独自前往对战自己的老对手——时空双子之一的狂克斯，但失败并被其时光之拳打速衰老。狂克斯与其在博物馆伪装的哥哥酷克斯会和，劫走了赛勒斯·博格为其制造时光机甲巨蛇，并寻找时光之刃。劳埃德肩负起带领整个团队的使命，但最终时间双子成功回到过去。凯和妮雅用双元素神龙冲进时光隧道阻止他们并拯救了吴大师，但最终吴大师将凯和妮雅扔出隧道，自己和时间双子留在隧道。
第八季：加满都之子
一个名叫加满都之子的组织偷走了两张恶魔面具还袭击了忍者国的王宫，忍者们发现他们的目的是复活加满都魔王，于是和王国公主晴美一起去寻找第三张恶魔面具，途中飞船坠毁，忍者们发现一个小婴儿竟然是迷失在时空中的吴大师。同时劳埃德找到面具后发现晴美就是加满都之子的老大沉默者。晴美复活了加满都魔王，加满都重创了劳埃德并剥夺了他的元素力量。随后创造了巨石兽，毁了命运赏赐号，关键时刻，杰，凯，赞，寇，吴大师通过米斯塔的茶穿越到了龙之国。
第九季：猎杀
忍者们被米斯塔的东西带去了第一国度，在那里，他们被猎龙部落的猎人抓住，猎龙部落的首领钢铁男爵想利用忍者们取得第一代幻影旋转术大师的盔甲。在忍者国，劳埃德等人创立了反击部队，与加满都抗衡，但创建后基地被攻击，只有劳埃德、妮雅、天乐、达雷斯、米斯塔逃出来，天乐想用自己的琥珀元素控制巨石兽，但被黑暗力量控制。钢铁男爵在最后被始祖龙烧死，吴大师得到铠甲，于是他和忍者们一起回到了忍者国，一起打败了加满都。
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